Prvá generácia Fabie bola predstavená v roku 1999. Facelift bol uvedený v roku 2005. Prvá generácia sa vyrábala v karosárskych verziách hatchback, combi a sedan. V modelovom roku 2003 Škoda predstavila nový motor svojej produkcie, HTP (High Torque Performance), ktorým nahradila staré motory MPI (Multi Point Injection), nevyhovujúce novým emisným normám.